百花园的园内布局为"一核、两轴、四相、十二园"。"一核"即百花园中央错落有致、四通八达的"窗"。这扇现代而时尚之"窗"寓意信阳人民瞭望世界、走向世界,也期待世界认知信阳、走进信阳;"窗"的红色昭示着红城信阳永葆革命本色,"窗"的通透表明绿色信阳迎来万紫千红。"两轴"即园中央的世纪文化轴和南北景观轴,是引导人流的主要景观视线。东西轴线象征中国南北地理分界线,表明信阳位于"秦岭--淮河"这一中国南北地理分界线上。"四相"即绿谷花境、绿野花街、花语绿堤、五彩花海,对应春夏秋冬四季打造百花胜景。"十二园"即根据植物不同花期,对应十二花仙形成十二个主题花卉园,每个主题花卉均配置与自身季节相近的花卉,创造日日有花开、月月有花赏的美景。即一月山茶园,二月迎春园,三月杜鹃园,四月牡丹园,五月月季园,六月紫薇园,七月木槿园,八月桂花园,九月菊花园,十月芙蓉园,十一月红枫园,十二月腊梅园。
在百花园中轴线的中心点设有零地标,是信阳交通"零公里"起始的标志点,也是测量信阳与世界各地之间距离的基点;零地标下是百年地宫。